現有生物肥都以有機質為基礎

現有生物肥都以有機質為基礎，然后配以菌劑和無機肥混合而成。為廣泛改善這種一般性生物肥料和傳統性的狀況，生物肥料產品則遠遠超越了現有概念。其將擴大至既能提供作物營養，又能改良土壤；同時還應對土壤進行消毒，即利用生物（主要是微生物）分解和消除土壤中的農藥（殺蟲劑和殺菌劑）、除莠劑以及石油化工等產品的污染物，并同時對土壤起到修復作用。
狹義的生物肥料，即指微生物（細菌）肥料，簡稱菌肥，又稱微生物接種劑。它是由具有特殊效能的微生物經過發酵（人工培制）而成的，含有大量有益微生物，施入土壤后，或能固定空氣中的氮素，或能活化土壤中的養分，改善植物的營養環境，或在微生物的生命活動過程中，產生活性物質，刺激植物生長的特定微生物制品。
廣義的生物肥料泛指利用生物技術制造的、對作物具有特定肥效（或有肥效又有刺激作用）的生物制劑，其有效成分可以是特定的活生物體、生物體的代謝物或基質的轉化物等，這種生物體既可以是微生物，也可以是動、植物組織和細胞。生物肥料與化學肥料、有機肥料一樣，是農業生產中的重要肥源。近年來，由于化學肥料和化學農藥的大量不合理施用，不僅耗費了大量不可再生的資源，而且破壞了土壤結構，污染了農產品品質和環境，影響了人類的健康生存。因此，從現代農業生產中倡導的綠色農業、生態農業的發展趨勢看，不污染環境的無公害生物肥料，必將會在未來農業生產中發揮重要作用。

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